Esse livro é uma história sobre um menino de nove anos, lutando para entender o que acontece ao redor dele em Auschwitz, durante a Segunda Guerra Mundial.
O personagem principal, Bruno, é o filho de um comandante de campos de concentração de judeus. Ele tem uma irmã mais velha, Gretel (apelidada "um caso perdido"). Moram numa mansão de cinco andares, até que subitamente se mudam para um lugar chamado "Out-With" "Haja-Vista em português" (na realidade, Auschwitz). Bruno sente-se indignado com a decisão de seu pai de mudar para Out-With, e — desesperado para voltar para casa — passa o tempo em seu quarto, sem nenhum amigo. Ele está também incomodado com o fato de que residem numa casa de três andares, em vez de sua antiga mansão de cinco e, portanto, com tão pouco espaço, pois não há nenhum quarto para ser "explorado" (aparentemente, esse é um passatempo de Bruno). Ele também sente a falta de não poder escorregar pelo corrimão de sua antiga casa.
Da janela de seu quarto, Bruno descobre que, atrás de uma cerca, vivem pessoas vestindo pijamas de listras. Eles são os judeus, e estão em um campo de concentração, situação que o menino desconhece. Um dia, seus pais chegam a um acordo sobre a necessidade de Bruno e Gretel terem um tutor para seus estudos, e contratam o Senhor Liszt. Para Bruno, o Senhor Liszt é o mais tedioso professor que alguém jamais poderia ter — porque ele ensina ciências (como geografia e história) — em lugar de ficção, que Bruno prefere. Assim, entre tédio e confusão, ele interroga-se sobre o que está acontecendo em Out-With e por que tantas pessoas estão permanentemente vestidas em pijamas de listras. Bruno, explorando seu quintal um dia foi mais longe, e chegou até a cerca que delimita o campo de concentração, e então conhece um judeu de sua idade, Shmuel. Mesmo do outro lado da cerca elétrica, o menino sempre ia ver Shmuel, seu único amigo, pois afinal, não sabia da rivalidade dos nazistas (como seu próprio pai) com os judeus. Bruno sempre achou que do outro lado da cerca, dentro do campo de concentração havia crianças livres, com quem poderia brincar, mas com o passar do tempo, acaba vendo que não é bem assim, e que a realidade é outra. É uma liçao de vida valiosa para o seu pai.
